Le club a été fondé en 1900 le 27 février. Lors de sa création le club est composé de onze étudiants, commerçant, et cols blancs de Schwabing, quartier bohème de la ville. Le club n’acceptait que les joueurs ayant un degré d’études élevé, ils étaient donc des bourgeois, le Bayern de Munich ne recrutait pas que des joueurs allemands. Lors de la première saison de Bundesliga le club termine troisième et gagne la coupe d’Allemagne. Durant la Deuxième Guerre mondial l’évolution du club est stoppée car la majorité de leur effectif était juif mais durant les années suivant la guerre il redeviendra dans l’élite des clubs allemands.
deux ans après la création de la Bundesliga en 1963. À ce moment-là, le grand club munichois est le TSV Munich 1860 ce qui donne lieu à des derbys de haute qualité. Mais il se fait très vite remarquer et dépasse son rival, notamment en coupes d'Europe (victoire en Coupe des coupes en 1967) et en championnat (victoire en 1969).
L'histoire du club est intimement liée à celle des trois figures emblématiques du football allemand des années 1970 : Franz Beckenbauer, le libéro et capitaine de l'équipe d'Allemagne, Gerd Müller, l'habile chasseur de buts, et le gardien Sepp Maier. À eux trois, ils forment l'ossature, aussi bien en sélection qui ne cesse de remporter titre sur titre (Euro 72 et Coupe du monde 74), que du Bayern. Le triplé bavarois succède au palmarès de la Coupe des clubs champions européens à celui du grand Ajax Amsterdam vainqueur des trois éditions précédentes : en 1974 (face à l'Atlético de Madrid) et s'impose comme la référence en remportant de nouveau cette compétition en 1975 (face à Leeds United) et enfin en 1976 (face à l'AS Saint-Étienne). Cette année-là, le club remporte aussi sa première Coupe intercontinentale contre le club brésilien du Cruzeiro EC.